Zidentyfikowanie nowych, istotnych klinicznie zmian genetycznych i epigenetycznych przy zastosowaniu wyskoprzepustowego sekwencjonowania następnej generacji u chorych na przewlekłą białaczkę szpikową z niekorzystnym przebiegiem choroby.

Przewlekła białaczka szpikowa (PBSz) jest modelowym nowotworem badanym od wielu lat, jednak zmiany genetyczne odpowiedzialne za progresję choroby są słabo poznane. Podstawowym celem projektu jest wykrycie aberracji w genomie i epigenomie PBSz odpowiedzialnych za niekorzystny przebieg choroby, czyli oporność na terapię celowaną i/lub progresję do fazy ostrej, przy zastosowaniu technik wysokoprzepustowych. Następnym celem jest zbadanie potencjalnej roli biologicznej odkrytych aberracji i próba eksperymentalnego blokowania w modelach in vitro.
W proponowanym projekcie poszukiwanie nowych aberracji genetycznych i epigenetycznych w PBSz zostanie wykonane z użyciem technologii wzbogacania bibliotek DNA w określone sekwencje (eksomowe oraz wyspy CpG) a następnie sekwencjonowania wysokoprzepustowego. W następnym etapie na modelach PBSz in vitro zostanie zbadana rola biologiczna wybranych aberracji w progresji choroby i lekooporności (m.in. poprzez wyciszanie genów, kierunkową mutagenezę) oraz próba eksperymentalnego zablokowania wykrytych celów przy zastosowaniu modelowania komputerowego i syntezy aptamerów.

Pomimo coraz częstszego stosowania sekwencjonowania wysokoprzepustowego, wiele nowotworów pozostało wciąż słabo scharakteryzowanych, czego przykładem jest przewlekła białaczka szpikowa, zwłaszcza pod kątem zmian odpowiedzialnych za progresję choroby. Poznanie nowych zmian genetycznych i epigenetycznych w PBSz oraz zbadanie ich znaczenia biologicznego na modelach komórkowych może przyczynić się do lepszego zrozumienia patogenezy PBSz. i do opracowania nowych, lepszych terapii dla pacjentów, u których choroba ma niekorzystny przebieg, jak również takich terapii, które uderzając w nowotworowe komórki macierzyste dadzą szansę na całkowite wyleczenie.
Realizacja grantu HARMONIA umożliwiłaby nie tylko kontynuację ale znaczące rozszerzenie wieloletniej współpracy pomiędzy kierownikiem projektu (dr T. Stokłosa) a partnerem zagranicznym (dr hab. T. Skórski). Zespół wykonawców obejmujący naukowców (genetyków, biotechnologów i bioinformatyków) oraz klinicystów i nowoczesny warsztat do badań genetycznych (platforma NGS) dostępny od niedawna na WUM z jednej strony, a z drugiej strony możliwości badań translacyjnych na modelach in vitro włącznie z modelowanie komputerowym i syntezą nowych cząsteczek u partnera zagranicznego oraz jego ogromne doświadczenie i ekspertyza w badaniach nad molekularną patogenezą białaczek dają realną szansę na dokonanie ważnych odkryć. Grant HARMONIA dałby niepowtarzalną szansę na uzyskanie synergii pomiędzy badaniami prowadzonymi pi zez obu partnerów. Mogłoby to przyczynić się do lepszego zrozumienia patogenezy PBSz. i w przyszłości nadziei na lepszą terapię dla chorych. W długim terminie wyniki uzyskane w realizacji grantu mogłyby stanowić wstęp do dalszych badan translacyjnym. na modelach in vivo. Dodatkową korzyść stanowiły by krótkie staże naukowe w celu realizacji zadań badawczych przez młodych członków zespołu u partnera zagranicznego, które przyczyniłyby się do wymiany doświadczeń i metod badawczych.